脉动真空灭菌器是对灭菌室多次抽真空再多次冲入高温蒸汽的方法，将灭菌室内的冷空气有效的置换出来，待达到设定的温度，湿度，压力时，利用高温蒸汽进行热力灭菌，细菌组成的结构的蛋白质加速运动，破环生物酶和组成的结构蛋白，从而导致微生物死亡。且在真空压力作用下，蒸汽可以更快的弥散到灭菌产品的外部和内部，灭菌更加彻底，对于灭菌物品的损坏程度小。
脉动真空灭菌是一种高温蒸汽灭菌方法，蒸汽灭菌是一种古老的灭菌方法，在很早就开始使用。随着灭菌技术的进步，高温蒸汽灭菌演变成灭菌效果更好的脉动真空灭菌器。脉动真空的灭菌是以饱和蒸汽作为灭菌介质，使用机械抽真空的方式，将灭菌室内的空气抽成真空，再注入蒸汽，再未达到设定的压力和时间时，再次抽真空和注入蒸汽。待到设置的温度和压力时，生物受热力作用加速运动，生物蛋白质肽段断裂，破坏生物的酶和结构蛋白，从而杀死细菌。
